Die Hauptaktivität des BioMed Center Innovation gGmbH ist die Durchführung von medizinischer und biomedizinischer Forschung. Der Fokus liegt dabei auf anwendungsorientierter Forschung, Ziel ist die Umsetzung der Ergebnisse in die Anwendung, damit Patienten davon profitieren. Neben Grundlagenforschung werden daher auch Umsetzungsprojekte gefördert und durchgeführt. Grundlage aller Forschungsaktivitäten ist die gute wissenschaftliche Praxis und die Veröffentlichung der Ergebnisse in entsprechenden Fachpublikationen und auf Kongressen, soweit nicht einzelne Teile zur besseren Umsetzung geheim gehalten werden müssen.